Querschnittsprogramme bilden das strategische Herzstück des FCI. Diese fachübergreifenden Forschungsvorhaben werden grundsätzlich in interdisziplinären Teams, bestehend aus Kliniker:innen, Tumorbiolog:innen, Biochemiker:innen, Chemiker:innen sowie Bioinformatiker:innen, gemeinsam bearbeitet. Dabei sind die Teams auf die in den fünf Forschungsbereichen bereit gestellten technologischen Plattformen angewiesen. Die jeweiligen Teams werden für jedes Querschnittsprogramm individuell zusammengestellt. Funktionelle Krebsforschung an primärem Patientenmaterial, präklinische und klinische Therapieentwicklung sowie molekulare Profilierung von Tumoren arbeiten hier Hand-in-Hand.

Die Querschnittsprogramme haben ihren Ursprung in klinischen Beobachtungen und Problemen, die bei Diagnostik und Therapie auftreten. Sie beschäftigen sich – gemäß der Spezialisierung der klinischen Mirglieder – mit bestimmten Erkrankungen oder Erkrankungsgruppen. Die zu bearbeitenden Fragestellungen müssen zwingend mit dem Behandlungsspektrum des UCT in Einklang stehen, da nur so gewährleistet ist, dass klinisch tätigen Ärzt:innen und Grundlagenwissenschaftler:innen an Problemen zusammenarbeiten, die sich aus der Klinik ergeben.

Querschnittsprogramme werden jährlich ausgeschrieben und für den Zeitraum von mehreren Jahren bewilligt. Der Fortschritt der Programme wird kontinuierlich überwacht, um sicherzustellen, dass sie die grundlegende Idee des FCI verwirklichen.